L'Independiente de Santo Tomé est un club de football argentin basé à Santo Tomé, dans la province de Santa Fe. Il évolue actuellement dans le championnat de Primera División de la Liga Santafesina de Fútbol.

Le club a été fondé le 20 février 1928 sous le nom de Sportivo Unión y Sociedad Cultural y Deportiva. En 1936, il adopte son nom actuel.

L'Independiente de Santo Tomé a remporté à deux reprises le championnat de la Liga Santafesina de Fútbol, en 1946 et 2010. Il a également remporté la Copa Santa Fe en 2019.

Le club possède un stade appelé "La Boquita", qui a une capacité de 3 000 places.

Parmi les joueurs notables ayant évolué à l'Independiente de Santo Tomé figurent Juan Carlos Rizzi, qui a joué pour l'équipe nationale argentine et a participé à la Coupe du monde 1966.