Le Club Atlético Malagueño est un club de football fondé en 1990. Il constitue l'équipe réserve du Málaga CF.
Le club est fondé en 1990 sous le nom de Sociedad Deportiva Malagueña. C'est alors l'équipe réserve du CD Málaga. En 1995, l'équipe adopte le nom de Málaga Club de Fútbol B puisque le CD Málaga qui fait faillite laisse place au Málaga CF.
En 2003, l'équipe parvient en Segunda División où elle reste durant trois ans. Après son passage en Segunda, l'équipe descend deux fois consécutivement pour se retrouver en Tercera División.
En 2009, l'équipe adopte son nom actuel.