Le Club de Fútbol Rayo Majadahonda est un club espagnol de football situé dans la localité de Majadahonda (communauté de Madrid). Fondé en 1976, il parvient à monter pour la première fois en deuxième division en .
Les racines du Rayo Majadahonda remontent à 1958, lorsqu'une équipe amateur est créée par Estanislao Pérez Sinobas. L'équipe porte le nom de Rayo Majariego et naît officiellement en 1976 en adhérant à la Fédération espagnole. Le club accède à la Tercera División lors de la saison 1987-1988 terminant le championnat à la cinquième place.
Lors de la saison 1997-1998, le club accède à la Segunda división B entraîné alors par Antonio Iriondo. Mais le club est relégué au terme de la saison. En 2003, le club remonte en Segunda división B, puis redescend en 2004.
Le , le Rayo Majadahonda obtient pour la première fois de son histoire la promotion en Liga 2 en battant le FC Carthagène lors des play-offs.
Le , le club se fait prêter Enzo Zidane par FC Lausanne-Sport.
En juin 2019, le club est relégué en Segunda División B.