Kaliningrad

Selon les sources, la date de fondation du club est fixée soit au 23 août soit au 22 décembre 1954 sous le nom Pichtchevik. L'équipe intègre la deuxième division soviétique en 1957 avant de prendre nom nom actuel Baltika l'année suivante. Il évolue par la suite au deuxième niveau jusqu'à sa relégation en troisième division en 1971, où il reste jusqu'à la dissolution de l'Union soviétique en 1991.

Intégrant le nouveau championnat russe au troisième échelon l'année suivante, le club est immédiatement promu en deuxième division en 1993 après avoir remporté la zone 4. Terminant troisième à l'issue de la première saison, et n'échouant à la promotion face au Rostselmach Rostov qu'au nombre de victoires, le Baltika domine par la suite largement le championnat 1995, inscrivant 92 points en quarante-deux et marquant une avance de treize points sur son dauphin le Lada Togliatti, et accède pour la première fois de son histoire à une division d'élite en 1996.

Pour sa première saison, le club se maintient aisément en atteignant la septième place. Il termine ensuite neuvième en 1997 et se qualifie pour la Coupe Intertoto où il atteint le troisième tour avant d'être éliminé par le Vojvodina Novi Sad. La saison 1998 voit le financement du Baltika être réduit drastiquement du fait de la crise financière, qui connaît une saison très difficile qui débouche sur une quinzième place synonyme de relégation en deuxième division.

Après une cinquième place lors de son retour au deuxième échelon, le club tombe progressivement au classement jusqu'à sa relégation en 2001. Il fait directement son retour dès l'année suivante en remportant le groupe Ouest. Un scénario similaire se produit en 2004 qui voit le club retomber avant de remonter immédiatement. Par la suite l'équipe se stabilise en milieu de tableau, terminant généralement loin des places de promotion malgré des cinquièmes places en 2013 et en 2018.

Le club adopte, à l'aube de la saison 2018-2019, un nouveau logo « modernisé » à la suite d'un sondage effectué auprès de ses fans, et ce en dépit d'une grande partie d'entre eux se prononçant pour un maintien du logo d'alors en vigueur depuis 2005. Pendant ce temps, l'entraîneur Igor Tcherevtchenko est remplacé par Valeri Nepomniachi lors de la pré-saison, tandis que les dirigeants ambitionnent une montée dans l'élite. L'exercice s'avère finalement extrêmement compliqué, avec un mauvais début de saison qui voit le Baltika stagner dans les dernières places du classement tandis que Nepomniachi est remplacé par Igor Lediakhov dès la mi-septembre, qui est lui-même remplacé par Ievgueni Kalechine au mois de janvier 2019. Malgré cela, l'équipe ne parvient pas à sortir de la zone de relégation et termine finalement seizième et relégable en fin de saison. Cette relégation est cependant vite annulée quelques jours plus tard à la suite de la non-promotion du Sakhaline Ioujno-Sakhalinsk, vainqueur du groupe Est de la troisième division, qui amène au repêchage du club. Le logo du club est par ailleurs changé à nouveau pour l'exercice 2019-2020, un vote des supporters aboutissant au retour à l'ancien logo.